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2017年1月1日，国家质检总局海外传染病监测站报告，一名疑似黄热病患者即将从安哥拉返回中国接受治疗。上海出入境检验检疫局接到国家质量监督检验检疫总局卫生司的通知后，立即启动口岸突发公共卫生事件应急预案，对疑似病例及其密切接触者进行流行病学调查、医学调查和样本检测。
上海检验检疫局的卫生检疫中心实验室进行了通宵检测，广东省检验检疫局的P3实验室排除了黄热病病毒、裂谷热病毒、基孔肯雅病毒、登革热病毒、疟原虫和其他虫媒病原体，以及甲型和乙型流感病毒、肝炎病毒和其他病原体。
为了进一步查明发热的原因，上海出入境检验检疫局和中国军事医学科学院利用宏基因组测序技术检测和分析了一个与埃考泊马病毒有96.5%同源性的片段序列。随后，江苏出入境检验检疫局再次进行了跟踪调查。收集样本并测序。该病毒的全基因组于2月21日获得。病毒基因组长度为12639bp。通过序列比对，发现其与尼日利亚库波热病毒2型(EKV2)有96%的同源性。对病毒序列进化树的进一步分析证实了该病毒是Ekpomavirus。
埃克波马病毒是2015年在西非尼日利亚新发现的病毒。它分为两种亚型，1型(心电图1)和2型(心电图2)。它主要感染牛，其媒介是库蠓，在世界上只报道过一次。与此同时，该病毒与另一种导致高出血热死亡率的基底细胞丛病毒高度同源，并且由于病例数量少，来源的生物学形状未知。对该病例的流行病学调查显示，患者携带该病毒已超过3周，而该疾病的传播媒介库蠓存在于中国，其分布类型和区域范围很广。一旦引入，它可能会造成流行病风险。检验检疫部门应重视对其生物学特性和发病机理的研究。目前，上海局已建立了一套相关的快速检测方法，根据ekpoma病毒的基因序列，为该病毒病的防控和诊断试剂的研发奠定了基础。
